La historia comienza cuando Yuuji Sakai, un estudiante de secundaria, se entera de que está muerto. Al regresar a casa después de la escuela, se percata de que la gente a su alrededor no se mueve, como si el tiempo se hubiera detenido. De repente, las personas empiezan a arder en un extraño fuego azul y luego son devoradas por un monstruo con forma de un muñeco. Y cuando éste prepara para engullir también a Yuuji, una misteriosa niña vestida con una gabardina negra, una espada, ojos y cabello flameante, lo salva.

El Tiempo infinito detuvo los latidos de su corazóny los humanos se quemaron sin hacer ningún ruido.Ninguna persona nota como el mundo cambiay es cubierto por las llamas de Guze…

Ella es una Neblina de Flama (Flame Haze), una cazadora de Guze no Tomogara, que son creaturas de otro mundo que se alimentan del Poder de Existencia de los humanos. Cuando un humano pierde todo su Poder de Existencia, éste desaparece incluso de los recuerdos de los demás, como si nunca hubiera existido. Para que ésta desparición no sea tan abrupta, las Neblinas de Flama utilizan restos del Poder de Existencia del humano y forman Antorchas (Torch), que son substitutos temporales del humano que eventualmente desaparecerán. Y la chica le dice a Yuuji que ése es su caso.

Al enterarse de ésto, Yuuji decide que como no ya no le queda mucho tiempo, ha de pelear al lado de Shana, como le ha nombrado a la chica de cabello y ojos flameantes (Shakugan no SHANA significa algo aí como SHANA de los Ojos Flameantes), contra los Guze no Tomogara e incluso contra otras Neblinas de Flama.